不知道自己起复王永光刺激到了苏茂相，朱由检任命黄克缵担任南京兵部尚书之后，又下令推选侍郎。
这个人选在朱由检表示起复旧官后，终于被东林党扳回一局，廷推前任兵部左侍郎张凤翔担任——
现在东林党也不计较南京职位是不是没有实权了，先把人起复了再说，不能让朝堂上充斥着非东林官员。
朱由检对张凤翔这个名字没有什么印象，不知道他后来被列入《贰臣传》。看到张凤翔年龄刚过五十，知道这是个年富力强的，能够辅佐已经年迈的黄克缵。
所以他当即任命张凤翔担任南京兵部左侍郎，安抚一下东林党。
南京刑部尚书潘浚、右侍郎杜士全没有附逆行为，被朱由检原职留任。
南京工部就比较乱了，现在的南京工部尚书，理论上是两广总督商周祚担任。两广总督一职，则由南京工部右侍郎李逢节接任。
实际上呢，商周祚仍在担任两广总督。李逢节这个人在哪，没有人能说清。
对此实在无语，朱由检想了一下，决定让商周祚继续留任两广总督，以安稳地方为先，下令道：
“商周祚改为加衔南京兵部尚书，继续担任两广总督。”
“李逢节从广东调出，职位以后任命。”
“现在廷推南京工部尚书。”
这又是个尚书，在朱由检先前明确表示要用中立派的情况下，大臣廷推前任户部尚书李长庚为正推。
这个人是有能力的，而且非常实在。他在担任山东巡抚的时候，辽东正好起了战事，需要往辽南运输物资。他最初反对登莱海运，发现可行之后，很快就改口了。后来还担任天津巡抚为辽东督饷，曾亲运海饷至辽。
朱由检看着他的履历，觉得比较满意，当即任命了此人。
至于南京工部右侍郎，是张维枢担任。此人也是晋江人，这让朱由检眉头微皱，觉得朝中的晋江人实在太多了，说不定就形成晋江党，值得自己警惕。
不过张维枢没有附逆行为，尤其是拒绝建祠，让朱由检很是赞赏，仍旧把他留任。
至此，南京六部高级官员齐备。至于下属官员，朱由检没打算设置那么多。毕竟南京朝廷只是备份，有个架子能迅速补充即可，平时没必要耗费钱粮养很多官员。朱由检道：
“南京六部事务不多，以后不必要的下属机构就撤了，现在的官员转任后，不用任命官员接任。”
“六部各设司务厅，以正六品主事管辖，负责日常事务。”
“司务厅由尚书直管，根据需要设处。例如吏部的文选司、验封司、稽勋司，在南京事务不多，就在司务厅设文选处、验封处、稽勋处，以正七品知事管辖。”
“唯有考功司，负责考察南京官员，仍旧设司，以正五品郎中管辖。”
“其它各部，同样照此办理。”